Ubicado en calle Errázuriz N° 227. Este museo es instalado en la capilla del antiguo convento de la Congregación de las Hijas de la Inmaculada Concepción de la Bienaventurada Virgen María.

1874: llegan a Ancud las religiosas de las Hijas de la Inmaculada Concepción.

1875: se inicia la construcción del templo, el colegio y la casa de la comunidad de las hermanas.

1960: este templo es utilizado como edificio comunitario luego del cataclismo que destruye la catedral Nuestra Señora del Carmen, funcionando como tal hasta 1976.

1968: el colegio deja de funcionar y hasta 1995 es utilizado como oficinas de Cáritas Chile.

Posteriormente funciona allí un liceo técnicoprofesional.

1970: el templo deja de funcionar como lugar de culto religioso.

1993: es instituida la Fundación cultural “Amigos de las Iglesias de Chiloé”.

2002: la Fundación se hace cargo de toda la edificación.

2009: es inaugurado el Museo de las Iglesias de Chiloé, muestra museográfica de carácter patrimonial, con una tienda de productos locales y salones de uso múltiple. Allí se pueden apreciar colecciones de fotografías, dibujos, antiguas piezas rescatadas de las iglesias restauradas, muestras de ensambles de madera y maquetas de las iglesias chilotas.