Ubicada en calle Arturo Prat, esquina Cienfuegos, frente a La Recova. Conserva la línea colonial, de estilo barroco, bajo influencia arquitectónica virreinal. Criterios eclécticos le dan un rasgo románico en su fachada de arco, columnatas y falso frontispicio. La torre conserva el estilo colonial tardío.
Los murallones y la cantería decorativa son de piedra labrada. De tres naves, con planta en forma de cruz latina, cuenta con altares y cuadros para veneración: san Ezequiel Moreno, abogado de los enfermos de cáncer, san Pancracio, la Virgen del Carmen, san Judas Tadeo y santa Rita de Casia.
• 1672: Se construye el primer edificio del colegio y la capilla de piedra calcárea, perteneciente a la Compañía de Jesús, que es destruido en un ataque del pirata Bartolomé Sharp.
• 1750: Se inicia la construcción del nuevo templo, que es terminado cinco años más tarde.
• 1768: pasa a la Orden de los Agustinos, luego de la expulsión de los jesuitas en el año anterior.
• 1798: el cuerpo superior de la torre es destruido por un huracán, siendo reconstruido al año siguiente.
• 1847: un terremoto vuelve a destruir la torre, siendo reconstruida por Juan Herbage tres años después.
• 1903: un nuevo terremoto provoca daños generales en la estructura.
• 1912: un incendio destruye completamente el templo, tras lo cual es reconstruido al año siguiente, transformándolo en un edificio de tres naves.
• 1959: un nuevo incendio lo vuelve a destruir.
• 1975: sufre severos daños tras el terremoto de Coquimbo.
• 1981: 12 de febrero, es declarada Monumento Nacional.
• 1985: su última reconstrucción es realizada por el arquitecto Pedro Broquedis.
• 1990: se reanudan los servicios religiosos en el sector nororiente del templo.
• 1994: es terminada la reconstrucción, junto con las celebraciones de los 450 años de La Serena.
• 1995: 18 de agosto, es inaugurada oficialmente.
• 2002: su administración es asumida por la Orden de los Agustinos Recoletos.