Ubicada en calle Carabineros de Chile Nº 160, frente al ex edificio Diego Portales, en Santiago.

Es construida como capilla, dedicada al Sagrado Corazón, como parte del desaparecido Hospital San Borja, administrado por las Hermanas de la Caridad de San Vicente de Paul.

La primera piedra es colocada el 8 de enero de 1872, siendo terminada en el año 1876.

De estilo neogótico, semejante a la catedral de Saint Chapelle, posee tres naves separadas por arcos. Los vitrales (29 en total), la roseta central y las imágenes son traídos desde Francia.

En el interior se destaca la imagen de la Virgen del Carmen, Patrona de las Fuerzas Armadas y de Orden. También se conservan imágenes de la antigua Capilla: San Francisco de Borja, el Sagrado Corazón de Jesús, San José, Santa Teresita del Niño Jesús y el Cristo yacente. Es erigida como “Iglesia Pública” el 4 de mayo de 1876.

Respecto a la nacionalidad de sus arquitectos, existen dos versiones: mientras hay quienes atribuyen la obra al arquitecto británico Hovender Henry, otros aseguran que correspondería a profesionales de origen francés. Sin embargo, un libro publicado en inglés en 1900, que carece de editorial, señala que el arquitecto es G. Hovenden Henry.

En 1967, a raíz de la remodelación del sector, la ex Corporación de Mejoramiento Urbano, CORMU, anuncia la demolición del viejo Hospital San Borja, lo que también involucra a su capilla. No es hasta el año 1975, luego de gestiones de la Escuela de Arquitectura de la Universidad de Chile con entidades estatales, que se logra que la medida quede sin efecto y, si bien el Hospital es demolido, la capilla se conserva.

El 19 de noviembre de 1975, la ex CORMU la entrega a Carabineros de Chile. De inmediato, se da inicio a los trabajos de restauración. El 23 de abril de 1976, ella es recibida oficialmente por la Institución y destinada para los servicios religiosos.

En 1982 se le cambia el nombre por Capilla San Francisco de Borja.